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Una distribución Live

La UUSMB esta realizando una distribución Linux Live. Esta distribución ad hoc contiene los paquetes que se usan durante los cursos de la Unidad.

Anteriormente los cursos se basaban en la distribución Bio-Linux^. Desde julio de 2014 esta distribución no se actualizó, por ello la decisión de realizar una propia distribución.

Base de la Live

La Live de la UUSMB esta basada en la distribución Debian en su version estable (Bullseye , 12.5). Se puede utilizar vía una USB, o dentro de un virtualizador como Virtualbox. Si usan Virtualbox, la distribución esta contemplada para poder utilizar la pantalla completa. Vean aquí como proceder esta instalación.

Lista de los paquetes:

Los paquetes presentes en esta distribución son los siguientes:

  • abacas

  • abyss

  • ampliconnoise

  • art-nextgen-simulation-tools

  • artemis

  • augustus

  • bamtools

  • bcftools

  • bioperl

  • bioperl bioperl-run

  • biosquid

  • bowtie

  • bowtie2

  • bwa

  • cd-hit

  • cdbfasta

  • cdbfasta

  • chimeraslayer

  • clearcut

  • clustalw

  • clustalx

  • cramtools

  • cufflinks

  • cutadapt

  • emboss

  • erne

  • fastdnaml

  • fastqc

  • fasttree

  • fastx-toolkit

  • gnuplot5

  • hmmer

  • igv

  • infernal

  • iqtree

  • jellyfish

  • kraken

  • last-align

  • mafft

  • maq

  • microbiomeutil

  • mira-assembler

  • mothur

  • mrbayes

  • mummer

  • muscle

  • ncbi-blast+

  • ncbi-entrez-direct

  • paml

  • phylip

  • primer3

  • prodigal

  • prokka

  • python-biopython

  • python-matplotlib

  • python-pandas

  • python3-matplotlib

  • python3-pandas

  • r-base

  • r-bioc-deseq2

  • r-bioc-edger

  • r-cran-plotrix

  • readseq

  • samtools

  • sff2fastq

  • smalt

  • snakemake

  • sra-toolkits

  • ssake

  • t-coffee

  • trinityrnaseq

  • velvet

  • wise

Disponibilidad

Pueden verificar los archivos iso gracias al comando sha256sum. Los valores respectivos de cada iso se encuentra en el archivo sha256sum.txt .

La Live esta disponible en 5 sabores:

  • Servidor , sin ambiente gráfico : descarga

Images/server-desktop.png
Images/xfce-desktop.png
Images/mate-desktop.png
Images/gnome-desktop.png
Images/cinnamon-desktop.png

¿Como copiar la imagen ?

La imagen live puede usar via un DVD, o tambien via una memoria USB (minimo de 2GB, 4Gb para la versíon Gnome).

Si usan Linux, la manera mas simple para grabar la imagen en una memoria USB se muestra aquí

Para los usuarios de Windows, aquí viene una manera de grabar la imagen en una memoria USB

¿ Como instalarla ?

La documentación de como instalarlo se encuentra aquí.